La primera línea es la de seguimiento y control al sector pecuario, el cual se realiza a las actividades o producciones avícolas y porcícolas, y en ciertos casos a actividades con tenencia de ganado como lechería, en donde se revisa cómo están adelantando su gestión ambiental y qué tanto están cumpliendo los permisos ambientales.

La segunda línea del accionar es la evaluación, donde se estudia la documentación y solicitud que hace el usuario para así otorgarle los permisos; estos procedimientos son de manera integral, ya que se otorgan varios para el mismo usuario: vertimiento doméstico, concesión de agua y el manejo de los residuos.

Asimismo se atienden las PQRS del sector, oficios, solicitudes, y requerimientos por parte de los entes de control; a través de estos seguimientos cuando se evidencia un incumplimiento se procede con lo estipulado en la resolución 1333 de 2009, por la cual se estableció el proceso sancionatorio ambiental.